ID RNApol_bact_RpoZ; MATRIX. AC MF_00366; DT 28-FEB-2005 CREATED; 10-MAY-2017 DATA UPDATE; 24-JAN-2024 INFO UPDATE. DE DNA-directed RNA polymerase subunit omega [rpoZ] [rpoZ]. CC /VERSION=8; MA /GENERAL_SPEC: ALPHABET='ABCDEFGHIKLMNPQRSTVWYZ'; LENGTH=63; MA /DISJOINT: DEFINITION=PROTECT; N1=6; N2=58; MA /NORMALIZATION: MODE=1; FUNCTION=LINEAR; R1=1.8067619; R2=0.0156407; TEXT='-LogE'; MA /NORMALIZATION: MODE=-1; FUNCTION=LINEAR; R1=3490.0703125; R2=3.9225352; TEXT='Heuristic'; MA /CUT_OFF: LEVEL=0; SCORE=501; H_SCORE=5455; N_SCORE=9.657; MODE=1; TEXT='?'; MA /CUT_OFF: LEVEL=-1; SCORE=428; N_SCORE=8.5; MODE=1; TEXT='??'; MA /DEFAULT: M0=-8; D=-20; I=-20; B0=*; B1=*; E0=*; E1=*; MI=-105; MD=-105; IM=-105; DM=-105; MA /I: B0=0; B1=0; BI=-105; BD=-105; MA /M: SY='M'; M=-11,-13,-23,-19,-11,-5,-23,-5,9,-6,8,31,-14,-18,-3,-8,-15,-7,4,-21,-2,-8; MA /M: SY='A'; M=10,-14,-19,-19,-7,-7,-18,-17,4,-15,10,3,-14,-17,-11,-17,-8,-5,2,-21,-9,-9; MA /M: SY='R'; M=-10,-4,-26,-2,6,-15,-20,-5,-13,2,-7,-6,-4,-16,3,9,-6,-7,-12,-22,-6,3; MA /M: SY='P'; M=-10,-19,-28,-19,-12,-5,-25,-13,3,-13,-3,-2,-15,9,-13,-14,-13,-8,-2,-20,-4,-15; MA /M: SY='T'; M=-2,-2,-21,-3,0,-22,-13,-13,-18,3,-20,-13,-1,0,-1,0,8,10,-12,-29,-16,-2; MA /M: SY='V'; M=2,-21,-18,-25,-19,-4,-22,-20,17,-18,8,9,-18,-21,-16,-19,-7,-1,19,-23,-6,-19; MA /M: SY='E'; M=-13,18,-29,28,37,-32,-17,-1,-29,8,-22,-19,5,-6,14,0,-1,-9,-26,-31,-18,25; MA /M: SY='D'; M=-7,13,-22,19,18,-28,-15,-5,-24,3,-18,-15,3,-11,8,-4,0,-7,-20,-31,-16,13; MA /M: SY='L'; M=-8,-27,12,-30,-22,3,-29,-23,8,-29,29,9,-26,-31,-22,-23,-23,-10,6,-26,-7,-22; MA /M: SY='L'; M=-8,-20,-21,-24,-15,1,-26,-17,14,-17,22,16,-18,-23,-13,-14,-18,-6,8,-22,-3,-15; MA /M: SY='E'; M=-6,10,-25,11,12,-27,-4,-4,-27,8,-24,-16,10,-12,3,4,3,-6,-22,-29,-17,7; MA /M: SY='K'; M=-8,-11,-24,-14,-6,-12,-22,-8,-7,10,-8,1,-7,-17,-2,9,-9,-6,-4,-20,-4,-5; MA /M: SY='V'; M=4,-16,-11,-20,-18,-11,-18,-19,9,-17,-2,0,-13,-20,-15,-18,0,1,15,-28,-12,-17; MA /M: SY='D'; M=-4,13,-25,16,3,-28,7,-8,-29,-5,-27,-21,12,-3,-4,-10,7,-3,-24,-32,-22,-1; MA /M: SY='N'; M=-5,24,-19,17,1,-21,0,1,-23,-4,-29,-20,33,-16,-1,-6,17,5,-22,-37,-17,0; MA /M: SY='R'; M=-16,-7,-30,-8,2,-23,-21,-3,-27,34,-22,-9,-1,-17,9,52,-10,-10,-18,-20,-9,2; MA /M: SY='Y'; M=-20,-23,-27,-27,-23,47,-30,7,0,-17,3,0,-20,-30,-20,-13,-20,-10,-7,23,63,-23; MA /M: SY='K'; M=-3,-3,-22,-3,2,-19,-15,-8,-15,5,-11,-7,-3,-15,-1,5,-2,-2,-10,-26,-12,-1; MA /M: SY='L'; M=-9,-28,-21,-30,-21,7,-31,-21,23,-28,40,19,-26,-27,-19,-21,-25,-6,14,-21,-1,-21; MA /M: SY='V'; M=3,-14,-10,-18,-18,-9,-22,-23,7,-15,-4,-2,-14,-16,-18,-16,5,17,19,-30,-12,-18; MA /M: SY='V'; M=-5,-21,-12,-26,-21,-3,-27,-20,16,-18,13,12,-18,-24,-16,-15,-11,0,19,-26,-7,-19; MA /M: SY='L'; M=-4,-20,-19,-21,-11,-1,-25,-16,8,-14,16,8,-20,-22,-10,-10,-14,-5,8,-21,-4,-11; MA /M: SY='A'; M=22,-17,-14,-24,-17,-11,-16,-24,10,-16,0,0,-16,-17,-16,-21,1,2,17,-24,-13,-17; MA /M: SY='A'; M=28,-8,-12,-16,-9,-14,-6,-17,-10,-11,-13,-10,-5,-12,-7,-16,15,8,-1,-24,-15,-8; MA /M: SY='K'; M=-10,1,-28,-1,8,-24,-18,-3,-24,27,-23,-9,5,-13,11,25,-6,-9,-20,-22,-10,9; MA /M: SY='R'; M=-20,-11,-30,-11,-2,-15,-21,2,-27,26,-18,-9,-2,-21,8,61,-11,-10,-19,-15,0,-2; MA /M: SY='A'; M=41,-12,-10,-20,-12,-17,-4,-21,-6,-12,-7,-7,-12,-12,-12,-19,8,2,4,-22,-18,-12; MA /I: I=-6; MI=0; MD=-32; IM=0; DM=-32; MA /M: SY='R'; M=-14,-5,-28,-5,5,-19,-20,5,-25,25,-20,-8,0,-16,7,32,-10,-10,-18,-21,-6,4; MA /M: SY='Q'; M=-9,0,-28,2,18,-30,-20,2,-18,8,-14,-4,-3,-11,31,7,-4,-10,-22,-22,-10,24; MA /M: SY='L'; M=-9,-23,-21,-27,-18,3,-28,-19,16,-20,28,14,-21,-25,-16,-12,-20,-5,9,-21,-2,-18; MA /M: SY='R'; M=-5,3,-24,0,0,-21,-11,-5,-19,5,-18,-11,8,-12,4,11,0,-3,-17,-26,-13,0; MA /I: I=-3; MI=-15; MD=-15; IM=-15; MA /M: SY='E'; M=0,2,-14,0,6,-12,-8,-2,-11,1,-10,-7,3,-8,5,2,3,0,-11,-16,-6,5; D=-3; MA /I: I=-3; MI=-15; MD=-15; IM=-15; DM=-15; MA /M: SY='G'; M=-3,-6,-15,-6,-8,-9,15,-1,-14,-6,-11,-6,-3,-11,-6,-7,-3,-8,-11,-7,-2,-8; D=-3; MA /I: I=-3; MI=0; MD=-15; IM=0; DM=-15; MA /M: SY='A'; M=4,-1,-12,-3,3,-19,1,-8,-21,-5,-18,-14,2,-13,-3,-8,4,-4,-16,-25,-16,0; D=-3; MA /I: I=-3; MI=-15; IM=-15; DM=-15; MA /M: SY='E'; M=-6,8,-23,11,12,-24,-15,-8,-20,4,-20,-15,4,-8,2,1,5,2,-13,-31,-17,6; MA /M: SY='P'; M=-9,-14,-28,-13,-7,-10,-16,-14,-12,-9,-10,-7,-11,16,-11,-8,-8,-5,-14,-24,-13,-11; MA /I: I=-6; MI=-32; MD=-32; IM=-32; MA /M: M=-5,-7,-23,-8,-4,-10,-17,-13,-3,-13,0,-3,-7,-3,-8,-14,-8,-5,-6,-25,-12,-7; D=-6; MA /I: I=-6; MI=-32; IM=-32; DM=-32; MA /M: SY='V'; M=-1,-14,-19,-16,-12,-10,-20,-17,7,-12,4,5,-14,-17,-10,-13,-8,-2,9,-25,-10,-11; MA /I: I=-2; MI=-12; MD=-12; IM=-12; MA /M: SY='I'; M=-3,-5,-13,-6,-6,-6,-14,-10,5,-9,5,4,-6,-13,-7,-9,-7,-4,5,-17,-6,-7; D=-2; MA /I: I=-2; MI=-12; MD=-12; IM=-12; DM=-12; MA /M: SY='E'; M=-4,1,-17,1,3,-13,-12,-7,-9,-2,-10,-5,1,-5,0,-5,1,0,-8,-22,-10,1; D=-2; MA /I: I=-2; MI=-12; MD=-12; IM=-12; DM=-12; MA /M: SY='D'; M=-10,13,-23,19,12,-23,-13,-2,-21,5,-19,-15,6,-9,2,1,-1,-6,-16,-24,-12,7; D=-2; MA /I: I=-2; MI=-12; MD=-12; IM=-12; DM=-12; MA /M: SY='D'; M=-11,2,-26,8,8,-16,-18,-4,-17,1,-17,-12,-3,-3,-1,-2,-4,-7,-14,-22,-6,2; D=-2; MA /I: I=-2; MI=-12; MD=-12; IM=-12; DM=-12; MA /M: SY='K'; M=-3,0,-21,-1,4,-21,-10,-8,-18,11,-18,-10,2,-7,4,6,1,-1,-14,-23,-13,3; D=-2; MA /I: I=-2; MI=-12; MD=-12; IM=-12; DM=-12; MA /M: SY='N'; M=0,5,-17,1,-3,-19,3,-2,-20,-3,-21,-12,12,-13,-1,-1,10,3,-16,-27,-15,-3; D=-2; MA /I: I=-2; MI=-12; MD=-12; IM=-12; DM=-12; MA /M: SY='D'; M=-12,11,-25,12,-1,-16,-12,5,-13,-7,-15,-9,9,-16,-5,-8,-4,-8,-14,-26,-5,-4; D=-2; MA /I: I=-2; MI=-12; MD=-12; IM=-12; DM=-12; MA /M: SY='K'; M=-9,1,-27,0,8,-27,-18,-9,-27,43,-27,-9,1,-10,8,27,-8,-7,-18,-19,-9,8; D=-2; MA /I: I=-2; MI=-12; MD=-12; IM=-12; DM=-12; MA /M: SY='P'; M=-6,-11,-26,-10,-4,-13,-17,-13,-9,-11,-11,-8,-8,28,-10,-14,-7,-5,-14,-25,-16,-9; D=-2; MA /I: I=-2; MI=0; MD=-12; IM=0; DM=-12; MA /M: SY='V'; M=-1,-22,-16,-25,-21,-4,-26,-25,18,-18,7,5,-21,-13,-21,-19,-7,6,25,-26,-9,-22; D=-2; MA /I: I=-2; MI=-12; IM=-12; DM=-12; MA /M: SY='V'; M=-1,-12,-17,-14,-15,-11,-14,-20,5,-16,-3,-2,-10,-19,-14,-17,2,6,11,-29,-12,-15; MA /M: SY='I'; M=-6,-21,-25,-26,-18,-7,-28,-20,15,-9,5,7,-16,-20,-10,-3,-13,-6,13,-17,-5,-16; MA /M: SY='A'; M=41,-9,-10,-17,-9,-19,-2,-19,-10,-10,-12,-11,-8,-11,-9,-18,14,4,0,-24,-19,-9; MA /M: SY='L'; M=-8,-27,-22,-32,-22,7,-30,-20,25,-26,33,24,-24,-25,-17,-21,-23,-8,14,-19,0,-21; MA /M: SY='R'; M=-15,-10,-29,-10,3,-14,-22,2,-15,8,-9,-2,-5,-18,7,22,-12,-11,-15,-14,-3,3; MA /M: SY='E'; M=-10,7,-30,16,53,-28,-20,0,-28,9,-17,-17,-1,-2,20,2,-2,-10,-28,-29,-18,36; MA /M: SY='I'; M=-9,-28,-25,-36,-27,2,-35,-24,39,-26,24,25,-22,-22,-18,-25,-21,-9,25,-21,-1,-25; MA /M: SY='A'; M=25,-7,-13,-12,-7,-14,-5,-15,-10,-11,-11,-10,-6,-14,-10,-16,9,1,-1,-24,-14,-9; MA /M: SY='D'; M=3,9,-23,11,10,-27,-5,-8,-24,-1,-19,-16,3,-11,4,-4,4,-3,-18,-28,-18,7; MA /M: SY='G'; M=-6,9,-28,12,6,-30,21,-9,-34,-1,-28,-20,10,-14,-4,-6,1,-12,-28,-27,-23,1; MA /M: SY='K'; M=-10,-6,-26,-7,1,-18,-22,-5,-14,15,-9,-1,-6,-15,7,11,-9,-3,-12,-20,-4,4; MA /I: I=-6; MI=-32; MD=-32; IM=-32; MA /M: SY='I'; M=-7,-18,-21,-22,-19,-2,-28,-20,20,-17,14,9,-15,-23,-17,-16,-14,-4,17,-23,-3,-19; D=-6; MA /I: I=-6; MI=-32; IM=-32; DM=-32; MA /M: SY='D'; M=-10,2,-23,4,1,-11,-14,-9,-16,-3,-13,-10,-1,-16,-3,-4,-2,-2,-12,-24,-7,-1; MA /M: SY='F'; M=-11,-19,-25,-21,-15,6,-24,-13,4,-19,6,1,-16,-4,-17,-17,-14,-4,-1,-16,4,-17; MA /M: SY='E'; M=-8,8,-26,14,18,-27,-11,-1,-26,5,-23,-17,4,-4,6,0,2,-5,-22,-30,-17,11; MA /I: E0=0; E1=0; IE=-105; DE=-105; //