ID   RNApol_arch_Rpo4; MATRIX.
AC   MF_00864;
DT   29-SEP-2021 CREATED; 29-SEP-2021 DATA UPDATE; 24-JAN-2024 INFO UPDATE.
DE   DNA-directed RNA polymerase subunit Rpo4 [rpo4] [rpo4].
CC   /VERSION=1;
MA   /GENERAL_SPEC: ALPHABET='ABCDEFGHIKLMNPQRSTVWYZ'; LENGTH=107;
MA   /DISJOINT: DEFINITION=PROTECT; N1=6; N2=102;
MA   /NORMALIZATION: MODE=1; FUNCTION=LINEAR; R1=3.2220664; R2=0.0089062; TEXT='-LogE';
MA   /CUT_OFF: LEVEL=0; SCORE=1005; N_SCORE=12.181; MODE=1; TEXT='?';
MA   /CUT_OFF: LEVEL=-1; SCORE=593; N_SCORE=8.5; MODE=1; TEXT='??';
MA   /DEFAULT: M0=-7; D=-20; I=-20; B0=*; B1=*; E0=*; E1=*; MI=-105; MD=-105; IM=-105; DM=-105;
MA   /I: B0=0; B1=0; BI=-105; BD=-105;
MA   /M: SY='I'; M=-9,-22,-24,-25,-15,-4,-29,-18,17,-12,16,15,-19,-22,-10,-9,-18,-9,12,-22,-4,-14;
MA   /M: SY='E'; M=-5,12,-24,15,22,-27,-11,-4,-27,10,-26,-17,10,-8,8,2,8,-2,-22,-32,-18,15;
MA   /M: SY='E'; M=-6,1,-26,4,24,-22,-18,-5,-20,8,-19,-13,-1,-8,12,2,3,-4,-19,-25,-11,17;
MA   /M: SY='E'; M=-11,4,-28,7,23,-26,-19,6,-26,16,-21,-12,3,-9,14,14,-2,-6,-23,-27,-11,17;
MA   /M: SY='Y'; M=-14,-11,-28,-9,-8,5,-24,1,-6,-10,-5,-4,-12,-7,-9,-11,-14,-9,-11,-3,24,-11;
MA   /M: SY='I'; M=-5,-28,-21,-33,-25,1,-32,-26,32,-24,23,16,-24,-24,-21,-22,-18,-6,27,-23,-4,-25;
MA   /M: SY='T'; M=-1,-7,-19,-9,-6,-15,-16,-18,-14,-11,-19,-14,-4,17,-9,-13,14,23,-11,-31,-17,-8;
MA   /M: SY='I'; M=-9,-9,-22,-16,-16,0,-22,-8,10,-16,9,6,-3,-20,-12,-14,-12,-4,2,-20,3,-16;
MA   /M: SY='P'; M=15,-9,-21,-9,-4,-23,-8,-15,-16,-10,-21,-15,-6,20,-7,-17,9,1,-13,-29,-22,-7;
MA   /M: SY='E'; M=-7,2,-26,7,33,-24,-21,-5,-18,5,-15,-12,-3,-7,12,-2,-1,-6,-16,-27,-15,22;
MA   /M: SY='A'; M=25,-20,-11,-25,-19,-9,-15,-24,9,-16,3,1,-20,-20,-19,-20,-2,-1,21,-24,-14,-19;
MA   /M: SY='K'; M=-10,-10,-26,-11,-1,-11,-23,-8,-13,16,-8,-3,-8,-17,0,14,-12,-8,-10,-15,1,-1;
MA   /M: SY='E'; M=-7,11,-28,16,28,-28,-16,-1,-28,15,-22,-17,5,-8,10,6,-2,-9,-24,-28,-16,19;
MA   /M: SY='I'; M=-10,-25,-25,-30,-20,3,-32,-19,27,-23,25,18,-21,-23,-15,-19,-20,-7,14,-18,3,-20;
MA   /M: SY='L'; M=-10,-29,-20,-30,-21,8,-29,-19,22,-28,44,24,-29,-29,-18,-19,-28,-10,12,-20,0,-20;
MA   /M: SY='E'; M=-6,0,-25,1,14,-18,-15,-5,-18,6,-15,-11,1,-12,5,4,0,-5,-17,-24,-9,9;
MA   /M: SY='E'; M=-5,13,-25,14,22,-28,-13,-2,-26,11,-24,-16,10,-9,12,4,3,-5,-23,-29,-17,17;
MA   /I: I=-2; MI=-11; MD=-11; IM=-11;
MA   /M: SY='R'; M=-4,-15,-21,-17,-9,-7,-19,-11,1,-2,-2,0,-11,-18,-7,4,-9,-6,3,-18,-5,-10; D=-2;
MA   /I: I=-2; MI=-11; MD=-11; IM=-11; DM=-11;
MA   /M: M=0,-6,-18,-7,-2,-12,-12,-12,-2,-4,-5,-3,-5,-12,-5,-5,-3,-4,0,-20,-10,-5; D=-2;
MA   /I: I=-2; MI=-11; MD=-11; IM=-11; DM=-11;
MA   /M: SY='E'; M=-8,6,-25,11,23,-21,-17,-6,-21,8,-17,-14,0,-6,6,2,-3,-8,-18,-22,-13,14; D=-2;
MA   /I: I=-2; MI=-11; MD=-11; IM=-11; DM=-11;
MA   /M: SY='E'; M=-6,1,-20,3,10,-16,-11,-6,-16,3,-14,-11,1,-6,2,2,1,-3,-14,-23,-12,5; D=-2;
MA   /I: I=-2; MI=-11; MD=-11; IM=-11; DM=-11;
MA   /M: SY='R'; M=-5,-5,-21,-5,-1,-15,-3,-9,-13,2,-12,-7,-3,-13,-2,6,-3,-6,-10,-18,-10,-3; D=-2;
MA   /I: I=-2; MI=-11; MD=-11; IM=-11; DM=-11;
MA   /M: SY='E'; M=-2,2,-16,2,5,-17,-8,-5,-14,3,-13,-7,2,-9,5,2,4,-1,-11,-21,-11,5; D=-2;
MA   /I: I=-2; MI=0; MD=-11; IM=0; DM=-11;
MA   /M: SY='D'; M=-5,3,-14,4,1,-11,0,3,-14,-2,-11,-7,3,-9,0,0,-1,-4,-12,-12,-4,0; D=-2;
MA   /I: I=-2; MI=-11; MD=-11; IM=-11; DM=-11;
MA   /M: SY='E'; M=-4,0,-16,2,15,-15,-11,-4,-11,-1,-11,-8,-1,4,6,-4,3,-1,-12,-18,-11,10; D=-2;
MA   /I: I=-2; MI=-11; MD=-11; IM=-11; DM=-11;
MA   /M: SY='L'; M=-8,-20,-19,-22,-15,1,-24,-12,12,-19,20,14,-18,-21,-12,-14,-15,-4,7,-21,-2,-14; D=-2;
MA   /I: I=-2; MI=-11; MD=-11; IM=-11; DM=-11;
MA   /M: SY='S'; M=-1,4,-16,3,-2,-17,-7,-10,-18,-8,-20,-15,8,-6,-5,-8,17,15,-12,-32,-16,-4; D=-2;
MA   /I: I=-2; MI=-11; MD=-11; IM=-11; DM=-11;
MA   /M: SY='Y'; M=-12,-4,-26,-4,1,-4,-20,6,-11,-5,-9,-5,-4,-11,3,-6,-6,-7,-16,-11,14,0; D=-2;
MA   /I: I=-2; MI=-11; MD=-11; IM=-11; DM=-11;
MA   /M: SY='E'; M=-8,-10,-24,-8,8,-9,-25,-14,3,-12,6,1,-12,-15,-5,-13,-10,-7,0,-25,-9,1; D=-2;
MA   /I: I=-2; MI=-11; IM=-11; DM=-11;
MA   /M: SY='Q'; M=-8,-11,-25,-12,3,-16,-24,-7,0,-8,4,4,-10,-17,15,-7,-10,-8,-7,-22,-8,8;
MA   /M: SY='R'; M=-8,-1,-25,-4,1,-23,-11,-3,-24,16,-21,-10,6,-16,10,26,-1,-4,-19,-23,-11,4;
MA   /M: SY='R'; M=-12,-10,-21,-11,-5,-15,-22,-10,-16,12,-12,-7,-7,-20,-2,20,-12,-10,-12,-12,-5,-5;
MA   /M: SY='T'; M=14,-6,-11,-14,-10,-12,-14,-20,-5,-11,-8,-8,-5,-13,-11,-14,13,23,4,-28,-14,-11;
MA   /M: SY='L'; M=-11,-26,-22,-27,-19,12,-30,-11,16,-24,30,14,-25,-28,-17,-18,-23,-9,8,-12,13,-19;
MA   /M: SY='D'; M=-8,23,-26,30,25,-30,-13,0,-29,2,-23,-21,11,-8,6,-5,3,-6,-24,-33,-18,15;
MA   /M: SY='Y'; M=-20,-13,-29,-13,-14,15,-26,42,-9,-10,-7,-1,-9,-27,-4,-7,-16,-13,-16,10,58,-14;
MA   /M: SY='L'; M=7,-25,-16,-28,-20,0,-23,-22,15,-23,26,11,-24,-24,-19,-20,-16,-6,15,-22,-7,-20;
MA   /M: SY='E'; M=-5,10,-22,8,14,-24,-10,-3,-24,6,-24,-16,13,-11,8,7,10,3,-21,-31,-17,10;
MA   /M: SY='K'; M=-8,0,-25,-2,4,-22,-16,-3,-23,22,-21,-9,5,-13,6,20,-1,-2,-17,-25,-11,4;
MA   /M: SY='F'; M=-16,-26,-20,-32,-26,47,-29,-10,5,-25,10,3,-18,-29,-30,-18,-18,-9,6,-3,21,-26;
MA   /M: SY='S'; M=14,-4,-10,-8,-2,-18,-8,-11,-14,-7,-17,-11,0,-12,-4,-10,17,10,-6,-31,-17,-3;
MA   /M: SY='K'; M=-8,-2,-28,-2,9,-26,-20,-9,-26,37,-25,-9,-2,-11,7,24,-7,-8,-16,-22,-10,8;
MA   /M: SY='L'; M=-7,-23,10,-28,-22,-4,-27,-23,9,-23,11,6,-21,-27,-20,-20,-14,-5,10,-28,-9,-22;
MA   /M: SY='D'; M=-7,17,-22,21,8,-27,-8,-6,-27,1,-27,-21,13,-5,0,-2,12,4,-21,-35,-19,4;
MA   /I: I=-5; MI=-25; MD=-25; IM=-25;
MA   /M: SY='A'; M=6,-2,-17,-1,0,-16,-7,-10,-12,-3,-11,-9,-5,4,-5,-9,-1,-5,-9,-19,-13,-3; D=-5;
MA   /I: I=-5; MI=-25; MD=-25; IM=-25; DM=-25;
MA   /M: SY='E'; M=-6,6,-28,13,27,-28,-14,-6,-25,4,-22,-17,-1,9,7,-4,0,-7,-24,-29,-20,16; D=-5;
MA   /I: I=-5; MI=-25; MD=-25; IM=-25; DM=-25;
MA   /M: SY='D'; M=-6,12,-21,15,15,-24,-12,-3,-21,9,-18,-13,6,-8,9,3,0,-4,-17,-23,-13,12; D=-5;
MA   /I: I=-5; MI=-25; MD=-25; IM=-25; DM=-25;
MA   /M: SY='S'; M=8,4,-17,1,0,-21,-7,-10,-17,-2,-19,-13,5,-12,-2,-4,10,4,-10,-29,-17,-1; D=-5;
MA   /I: I=-5; MI=-25; IM=-25; DM=-25;
MA   /M: SY='A'; M=15,-9,-19,-13,-2,-18,-13,-14,-10,2,-10,-6,-7,-14,-4,0,0,-4,-4,-23,-15,-3;
MA   /M: SY='E'; M=-5,3,-27,6,25,-27,-13,-4,-27,15,-22,-15,1,-8,13,12,0,-7,-22,-26,-17,18;
MA   /M: SY='L'; M=-2,-13,-22,-13,0,-12,-21,-13,-3,-3,6,2,-12,-17,-2,-4,-9,-6,-4,-23,-9,-1;
MA   /M: SY='V'; M=-4,-24,-19,-27,-20,0,-28,-20,18,-15,17,13,-22,-24,-17,-13,-16,-4,19,-21,-2,-20;
MA   /M: SY='E'; M=-8,-5,-23,-4,1,-13,-18,-8,-7,-1,-7,-2,-6,-17,-5,-2,-6,-6,-2,-25,-9,-3;
MA   /M: SY='E'; M=-10,9,-28,13,34,-28,-18,-2,-27,15,-22,-16,4,-6,15,9,0,-8,-25,-28,-17,24;
MA   /M: SY='L'; M=-11,-11,-25,-8,7,-8,-25,-11,-5,-6,9,0,-13,-18,-2,-2,-14,-9,-6,-23,-7,2;
MA   /M: SY='L'; M=-10,-23,-24,-24,-13,-1,-27,-18,14,-17,27,15,-21,-23,-13,-13,-22,-10,7,-21,-3,-14;
MA   /I: I=-6; MI=-32; MD=-32; IM=-32;
MA   /M: SY='K'; M=-1,-8,-21,-10,-1,-17,-12,-11,-8,1,-9,1,-7,-14,-1,-3,-2,-3,-5,-24,-12,-1; D=-6;
MA   /I: I=-6; MI=-32; IM=-32; DM=-32;
MA   /M: M=-5,-8,-22,-10,-3,-9,-16,-12,-5,-8,-1,-2,-6,-15,-6,-9,-5,-3,-6,-24,-8,-5;
MA   /I: I=-5; MI=-25; MD=-25; IM=-25;
MA   /M: SY='E'; M=-9,-2,-25,0,10,-17,-18,-9,-9,0,-9,-6,-3,-9,1,-2,-6,-7,-10,-25,-12,4; D=-5;
MA   /I: I=-5; MI=-25; MD=-25; IM=-25; DM=-25;
MA   /M: SY='F'; M=-7,-10,-7,-12,-8,6,-15,-6,-4,-6,-4,-2,-7,-15,-9,-6,-7,-5,-1,-11,1,-8; D=-5;
MA   /I: I=-5; MI=-25; MD=-25; IM=-25; DM=-25;
MA   /M: SY='G'; M=-5,-5,-21,-4,-9,-16,7,-13,-10,-9,-12,-5,-5,-12,-11,-11,-5,-8,-6,-18,-14,-10; D=-5;
MA   /I: I=-5; MI=-25; MD=-25; IM=-25; DM=-25;
MA   /M: SY='L'; M=-7,-20,-18,-22,-14,7,-22,-15,12,-19,20,11,-18,-20,-14,-15,-15,-6,7,-15,1,-14; D=-5;
MA   /I: I=-5; MI=-25; IM=-25; DM=-25;
MA   /M: SY='K'; M=-4,3,-24,4,5,-24,-15,-11,-23,12,-23,-15,1,1,1,6,4,6,-17,-28,-16,2;
MA   /M: SY='E'; M=-13,5,-31,13,32,-29,-19,0,-29,13,-21,-16,0,1,15,12,-4,-10,-27,-28,-16,22;
MA   /M: SY='E'; M=-8,4,-27,10,23,-22,-19,-6,-20,8,-15,-13,-2,-10,7,3,-4,-9,-17,-26,-13,14;
MA   /M: SY='T'; M=-2,-10,-19,-14,-7,-12,-23,-9,3,-13,-2,-1,-9,-16,-6,-13,0,8,5,-27,-7,-8;
MA   /M: SY='A'; M=27,-15,-12,-23,-14,-14,-11,-20,1,-12,-3,-3,-12,-15,-12,-15,1,-1,6,-22,-15,-14;
MA   /M: SY='V'; M=3,-24,-13,-28,-24,-3,-26,-21,21,-20,6,8,-21,-24,-21,-20,-8,-2,28,-25,-6,-24;
MA   /M: SY='K'; M=-11,-6,-26,-8,4,-21,-21,-1,-12,16,-11,7,-5,-15,13,12,-10,-10,-11,-22,-8,8;
MA   /M: SY='I'; M=-9,-30,-25,-37,-28,2,-37,-28,41,-29,25,19,-23,-23,-21,-27,-21,-9,28,-21,-1,-28;
MA   /M: SY='V'; M=14,-22,-15,-28,-22,-7,-21,-25,19,-19,7,7,-20,-20,-19,-22,-6,-3,24,-24,-10,-22;
MA   /M: SY='B'; M=-11,38,-23,37,9,-28,-4,3,-28,-1,-30,-24,37,-14,1,-5,10,-2,-28,-40,-20,5;
MA   /M: SY='I'; M=-9,-29,-25,-36,-27,3,-36,-27,38,-29,27,19,-23,-23,-20,-26,-21,-8,25,-21,-1,-27;
MA   /M: SY='M'; M=-7,-20,12,-25,-18,-7,-24,-16,0,-13,9,14,-19,-26,-13,-10,-16,-8,2,-28,-10,-16;
MA   /M: SY='P'; M=-10,-20,-40,-11,-1,-29,-21,-20,-18,-11,-29,-19,-20,87,-10,-20,-10,-10,-28,-30,-29,-11;
MA   /M: SY='R'; M=-6,-3,-23,-2,8,-22,-17,-8,-16,7,-15,-8,-3,-12,8,9,1,1,-12,-26,-13,7;
MA   /M: SY='T'; M=-6,16,-19,16,2,-20,-13,-4,-21,-6,-20,-17,11,-12,-3,-9,13,18,-14,-33,-11,-1;
MA   /M: SY='V'; M=-7,-17,-23,-18,-10,-11,-23,-16,2,-9,-2,2,-14,-1,-10,-5,-8,-2,3,-25,-11,-12;
MA   /M: SY='D'; M=-8,19,-27,29,26,-29,-11,-4,-29,2,-22,-21,6,-8,5,-7,2,-7,-24,-31,-17,16;
MA   /M: SY='E'; M=-12,16,-29,27,46,-31,-17,-1,-30,6,-20,-20,3,-4,14,-3,0,-8,-28,-31,-19,30;
MA   /M: SY='L'; M=-6,-29,-19,-30,-22,6,-29,-22,22,-27,38,18,-28,-28,-21,-20,-24,-8,17,-22,-3,-22;
MA   /M: SY='R'; M=-16,-7,-29,-8,1,-22,-18,-1,-28,29,-21,-8,0,-17,9,52,-8,-8,-19,-21,-10,2;
MA   /M: SY='A'; M=19,-14,-15,-20,-13,-10,-13,-16,0,-15,-1,-2,-11,-13,-12,-18,3,3,4,-22,-10,-13;
MA   /M: SY='I'; M=-9,-30,-24,-36,-28,9,-35,-26,36,-28,23,16,-24,-25,-23,-25,-21,-8,26,-18,3,-28;
MA   /M: SY='F'; M=-13,-26,-21,-30,-23,27,-30,-15,12,-25,25,10,-23,-28,-23,-18,-21,-5,6,-6,18,-22;
MA   /M: SY='A'; M=11,-6,-17,-9,-4,-10,-7,-12,-12,-10,-14,-11,-3,-12,-7,-14,9,2,-7,-23,-9,-5;
MA   /M: SY='K'; M=-5,-7,-25,-8,-3,-20,-10,-7,-16,10,-15,-4,-4,-13,0,3,-5,-6,-12,-22,-9,-2;
MA   /M: SY='E'; M=-12,1,-30,8,25,-16,-21,-4,-20,0,-12,-13,-6,-11,6,-5,-8,-11,-21,-9,-3,15;
MA   /I: I=-4; MI=0; MD=-23; IM=0; DM=-23;
MA   /M: SY='R'; M=-11,3,-27,3,7,-20,-9,-3,-27,14,-23,-15,7,-15,4,22,-1,-7,-22,-23,-10,4;
MA   /M: SY='R'; M=-8,-14,-24,-16,-10,-6,-20,-11,-7,5,-8,-2,-10,-18,-7,8,-10,-7,-2,-17,-2,-9;
MA   /M: SY='T'; M=-2,-11,-20,-13,-6,-11,-20,-15,-2,-10,-3,-1,-9,-5,-7,-11,-1,8,-1,-26,-10,-7;
MA   /I: I=-5; MI=-27; MD=-27; IM=-27;
MA   /M: SY='F'; M=-10,-25,-22,-27,-20,16,-27,-15,13,-22,16,8,-21,-13,-19,-19,-19,-9,6,-10,9,-21; D=-5;
MA   /I: I=-5; MI=-27; MD=-27; IM=-27; DM=-27;
MA   /M: SY='S'; M=-2,3,-18,4,7,-19,-9,-10,-18,-3,-17,-14,3,-6,-1,-6,11,9,-13,-30,-15,3; D=-5;
MA   /I: I=-5; MI=-27; MD=-27; IM=-27; DM=-27;
MA   /M: SY='D'; M=-7,12,-24,15,15,-26,-13,-6,-24,2,-21,-17,6,0,6,-3,4,3,-21,-29,-17,10; D=-5;
MA   /I: I=-5; MI=-27; IM=-27; DM=-27;
MA   /M: SY='E'; M=-8,10,-28,18,42,-30,-13,-2,-30,9,-23,-19,2,-4,16,0,2,-8,-27,-30,-19,29;
MA   /M: SY='D'; M=-10,11,-22,15,13,-25,-18,-4,-18,1,-17,-12,4,-12,4,-5,0,-1,-14,-31,-14,9;
MA   /M: SY='L'; M=-4,-27,-20,-30,-21,6,-28,-19,21,-25,30,17,-24,-25,-18,-20,-21,-8,14,-18,1,-21;
MA   /M: SY='E'; M=-9,12,-29,16,30,-31,-17,-1,-28,16,-24,-16,6,-5,17,7,-1,-9,-26,-28,-17,23;
MA   /M: SY='E'; M=-6,3,-27,6,20,-29,-16,-5,-26,20,-22,-11,0,-9,15,12,-2,-7,-21,-25,-14,17;
MA   /M: SY='I'; M=-6,-27,-27,-37,-27,-1,-35,-27,42,-26,18,21,-20,-20,-18,-27,-17,-8,27,-21,-2,-27;
MA   /M: SY='L'; M=-8,-28,-20,-30,-21,5,-30,-22,23,-26,36,17,-26,-27,-20,-20,-23,-7,16,-22,-2,-21;
MA   /M: SY='D'; M=-13,25,-29,35,29,-33,-14,0,-33,10,-26,-22,12,-8,8,1,0,-9,-27,-33,-18,19;
MA   /M: SY='I'; M=-8,-26,-23,-31,-24,5,-32,-22,28,-25,20,13,-21,-23,-19,-23,-16,-3,19,-17,5,-24;
MA   /M: SY='I'; M=-6,-29,-12,-32,-26,2,-32,-25,28,-26,25,16,-27,-28,-23,-22,-19,-6,28,-25,-5,-26;
MA   /M: SY='K'; M=-4,5,-21,5,7,-25,-12,-5,-25,14,-23,-12,5,-12,5,8,1,-4,-19,-27,-14,6;
MA   /M: SY='K'; M=-7,2,-26,3,12,-27,-12,-7,-24,18,-25,-13,4,-7,8,10,1,-4,-19,-27,-15,9;
MA   /M: SY='Y'; M=-10,-15,-22,-17,-11,6,-22,12,-5,-12,-1,0,-14,-24,-8,-11,-13,-10,-8,-3,28,-12;
MA   /I: E0=0; E1=0; IE=-105; DE=-105;
//